Первоначально Пётр III был похоронен безо всяких почестей в Александро-Невской лавре, так как в Петропавловском соборе, императорской усыпальнице, хоронили только коронованных особ. Сенат в полном составе просил императрицу не присутствовать на похоронах.
Но, по некоторым сведениям, Екатерина решила по-своему; приехала в лавру инкогнито и отдала последний долг своему мужу. В 1796, сразу после кончины Екатерины, по приказу Павла I его останки были перенесены сначала в домовую церковь Зимнего дворца, а затем в Петропавловский собор. Петра III перезахоронили одновременно с погребением Екатерины II.