В самом развитом виде у третьего глаза есть сетчатка, нерв и аналог хрусталика, но нет радужки, век и глазодвигательных мышц; видеть им нельзя, но зато он может чувствовать интенсивность освещения. Теменной глаз работает как эндокринная железа, помогая регулировать суточные и сезонные ритмы; кроме того, он помогает ориентироваться в пространстве . Происходит он из двух разных мозговых выростов: либо из пинеального органа (или эпифиза, шишковидного тела), либо парапинеального органа, который вырастает рядом с первым.