По одной из самых популярных версий, рядом находились мясные лавки, а отходы от торговли сбрасывали прямо в воду. Из-за грязи и неприятного запаха водоём такое нелестное название получил.
Ситуация изменилась в начале Xviii века, когда рядом поселился князь Александр Меншиков. По его приказу пруд очистили, благоустроили территорию и превратили заброшенное место в украшение города. После этого водоём стали называть чистым прудом.

Интересно, что обычно мы говорим "Чистые Пруды", хотя пруд здесь всего один. Почему название осталось во множественном числе, историки до сих пор спорят.

